Przez kilkaset lat Malnia należała do wzmiankowanej już w roku 1223 parafii w Ot-męcie. Kiedyś w Malni znajdował się jedynie dzwonek na słupie, którym dzwoniono na Anioł Pański lub gdy zmarł któryś z mieszkańców wioski. Potem w centralnym punkcie wioski zbudowano kaplicę Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny.
Po wojnie otmęcki proboszcz ks. Franciszek Dusza podjął starania o uzyskanie pozwolenia na budowę kościoła w Malni. W roku 1977 zdecydowano się na przeniesienie z Kostowa koło Kluczborka po-protestanckiego kościoła pod wezwaniem św, Franciszka. Zachowane elementy drewniane wskazują na jego pochodzenie z przełomu XVIII i XIX wieku. Wówczas to, jako podbudowę pod ten kościół, zbudowano w latach 1976-1978 dolny kościół pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego. W budowie kościoła, którą kierował ks. Franciszek Dusza, czynnie uczestniczyli parafianie z Malni i Odrowąża, a także Otmętu i Karłubca.
W dniu 15 października 1978 roku kościół został konsekrowany przez biskupa ordynariusza Alfonsa Nossola. Jako ciekawostkę możemy podać, iż była to pierwsza konsekracja dokonana przez biskupa A. Nossola.
20 lipca 1981 roku dekretem ks. biskupa opolskiego Alfonsa Nossola utworzono samodzielną parafię, obejmującą Malnię i sąsiedni Odrowąż. Pierwszym proboszczem został ks. Kazimierz Świstek.
Z parafii Malnia wyszło do tej pory sześciu kapłanów; kolejny wyświęcony zostanie w lipcu br. w Passau (Niemcy).
Wyjątkową postacią wśród księży wywodzących się z Malni był o. Józef Cebula (1802-1941), zamordowany w obozie koncentracyjnym w Mauthausen. Niedawno rozpoczęty został proces kanonizacyjny o. J. Cebuli. Po kanonizacji św. Jacka oraz beatyfikacji Czesława i Bronisławy Odrowążów, ponownie Kościół wszczął postępowanie, celem wyniesienia na ołtarze syna naszej ziemi. Fakt ten, nie tylko dla mieszkańców Malni, ma znaczenie historyczne i niezwykle doniosłe.
Od roku 1989 proboszczem parafii w Malni jest ks. Jan Kołodenny. Wcześniej przez jedenaście lat był proboszczem w Przylesiu Brzeskim. W tym czasie za jego to staraniem wybudowano nowy kościół w Obórkach.