Przez kilkaset lat Malnia należała do wzmiankowanej już w roku 1223 parafii w Ot-męcie. Kiedyś w Malni znajdo­wał się jedynie dzwonek na słu­pie, którym dzwoniono na Anioł Pański lub gdy zmarł któryś z mieszkańców wioski. Potem w centralnym punkcie wioski zbu­dowano kaplicę Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny.

Po wojnie otmęcki pro­boszcz ks. Franciszek Dusza podjął starania o uzyskanie po­zwolenia na budowę kościoła w Malni. W roku 1977 zdecy­dowano się na przeniesienie z Kostowa koło Kluczborka po-protestanckiego kościoła pod wezwaniem św, Franciszka. Zachowane elementy drewnia­ne wskazują na jego pochodze­nie z przełomu XVIII i XIX wieku. Wówczas to, jako pod­budowę pod ten kościół, zbu­dowano w latach 1976-1978 dolny kościół pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Święte­go. W budowie kościoła, którą kierował ks. Franciszek Du­sza, czynnie uczestniczyli para­fianie z Malni i Odrowąża, a także Otmętu i Karłubca.

W dniu 15 października 1978 roku kościół został kon­sekrowany przez biskupa ordy­nariusza Alfonsa Nossola. Ja­ko ciekawostkę możemy po­dać, iż była to pierwsza konse­kracja dokonana przez biskupa A. Nossola.

20 lipca 1981 roku dekre­tem ks. biskupa opolskiego Al­fonsa Nossola utworzono samodzielną parafię, obejmującą Malnię i sąsiedni Odrowąż. Pierwszym proboszczem zo­stał ks. Kazimierz Świstek.

Z parafii Malnia wyszło do tej pory sześciu kapłanów; ko­lejny wyświęcony zostanie w lipcu br. w Passau (Niemcy).

Wyjątkową postacią wśród księży wywodzących się z Malni był o. Józef Cebula (1802-1941), zamordowany w obozie koncentracyjnym w Mauthausen. Niedawno roz­poczęty został proces kanoni­zacyjny o. J. Cebuli. Po kano­nizacji św. Jacka oraz beatyfi­kacji Czesława i Bronisławy Odrowążów, ponownie Ko­ściół wszczął postępowanie, celem wyniesienia na ołtarze syna naszej ziemi. Fakt ten, nie tylko dla mieszkańców Malni, ma znaczenie historyczne i nie­zwykle doniosłe.

Od roku 1989 proboszczem parafii w Malni jest ks. Jan Kołodenny. Wcześniej przez jedenaście lat był probosz­czem w Przylesiu Brzeskim. W tym czasie za jego to stara­niem wybudowano nowy ko­ściół w Obórkach.