Miejscowość położona przy drodze z Otmętu do Opola. Po raz pierwszy wzmiankowana w 1302 r. jako „Malne". W 1679 r. wystąpiła nazwa „Malnia", a w okresie późniejszym wioskę nazywano „Malnie" lub „Malinie". W 1845 r. wioska ta liczyła 175 mieszkańców. Już wówczas w pobliżu Malni wybierano kamień wapienny.

Przez kilka stuleci Malnia należała do parafii w Otmęcie. W latach 1976-1978 zbudowano tutaj kościół pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego. Kościół ten znajduje się całkowicie pod ziemią. Nad nim postawiono przeniesiony w 1977 r. z Kostowa drewniany kościół z początku XIX wieku.

Nazwę Malnia, pierwotnie Malnie, wywodzi się od określenia „malinie”, oznaczającego pierwotnie miejsce na którym rosną maliny. Stanowi więc skróconą fonetycznie pod wpływem gwarowym formę, gdzie nastąpił zanik samogłoski „i”, występującej po spółgłosce „l”. Po raz pierwszy występuje jako „Malna”, a następnie jako „Malne”. Jungnitz, w Aktach wizytacyjnych diecezji wrocławskiej z 1679 r., używa nazwy „Malnia”, a Knie, w 1845 r. podaje nazwę „Malnie”. Niespełna dwadzieścia lat później, Triest pisze o „Mallnie”. W 1936 r. zmieniono nazwę miejscowości Malnie na „Odergrund”. Obowiązywała ona do 1945 r. Od tego czasu funkcjonowała dawna, historyczna nazwa wioski: „Malnie”. Zmieniono ją na „Malnia” na mocy Zarządzenia ministra-szefa Urzędu Rady Ministrów z dnia 11 grudnia 1996 r. w sprawie ustalenia i zmiany nazw niektórych miejscowości.

Ok. 1300 r. – wioska wymieniona jako „Malna” w „Liber fundiationis episcopatus Vratislaviensis” („Księga uposażeń biskupów wrocławskich”) w związku z koniecznością uiszczania dziesięciny. 16 luty 1302 r. – w dokumencie papieża Bonifacego VIII wioskę wymieniono jako „Malne”, w związku z koniecznością płacenia dziesięciny na rzecz klasztoru cystersów w Jemielnicy. 1679 r. – w aktach wizytacyjnych diecezji wrocławskiej odnotowano, że mieszkańcy wioski Malnia („pago Malnia”) są zobowiązani do świadczeń na rzecz parafii w Otmęcie, obejmujących 15 korców pszenicy i 15 korców owsa. Również niektórzy indywidualni mieszkańcy wioski mieli obowiązek dostarczania parafii trzech transportów drewna.

1836 r. – utworzenie szkoły katolickiej należącej do parafii Otmęt, dla dzieci z Malni, Odrowąża, Choruli oraz Górażdży.

1925 r. – na wzgórzach między Malnią a Chorulą odkryto cmentarzysko z okresu wpływów rzymskich.

1945 r. – ponowne otwarcie szkoły, zdewastowanej w czasie wojny; uruchomiono także przedszkole.

1957 – decyzja o budowie kościoła w Malni.

10 września 1972 r. – uroczyste otwarcie nowo zbudowanego budynku Szkoły Podstawowej.

1977–1978r. – rekonstrukcja w Malni zabytkowego drewnianego kościoła pw. św. Franciszka z Asyżu, przeniesionego z Kostowa koło Kluczborka.

15 października 1978r. – uroczyste poświęcenie kościoła w Malni (dolnego) pw. Podwyższenia św. Krzyża przez Ordynariusza Opolskiego bpa Alfonsa Nossola.

1979r. – poświęcenie i postawienie na tarasie przed drewnianym kościołem krzyża misyjnego.

1980 r. – oddanie do użytku cmentarza parafialnego.

1 sierpnia 1981 r. – powstanie parafii, obejmującej wioski Malnię i Odrowąż.

1991 r – założenie orkiestry parafialnej.

Lipiec 1997 r. – wielka powódź zalała część Malni.

13 czerwca 1999 r. – papież Jan Paweł II beatyfikował pochodzącego z Malni ojca Józefa Cebulę OMI, który w 1941 roku oddał życie za wiarę w obozie Dachau.

Położenie geograficzne terenu dzisiejszej Malni, zwłaszcza bliskość Odry oraz duże skupiska leśne znajdujące się na wzgórzach wokół Odry, sprawiły, że w ciągu setek lat osiedlały się tu różne ludy i plemiona. Potwierdzają to liczne badania archeologiczne prowadzone na ich terenie od lat 20. XX w. W Archiwum Wojewódzkiego Oddziału Służby Ochrony Zabytków zarejestrowano na terenie Malni piętnaście stanowisk archeologicznych. Warto zwrócić uwagę na odkryte na wzgórzach między Malnią i Chorulą potężne ciałopalne cmentarzysko z okresu wpływów rzymskich. Te, spośród zachowanych znalezisk, które się zachowały, mieszczą się głównie w Muzeum Górnośląskim w Bytomiu.

Odnaleziono tam ślady osad mezolitycznych, neolitycznych oraz epoki brązu. Odkryto także ceramikę pochodzącą z późnego średniowiecza.

Obecnie Malnię zamieszkuje 710 mieszkańców.